1 траўня 1576 года каралём Рэчы Паспалітай быў абраны Стэфан Баторый

За новым манархам неафіцыйнай сталіцай РП стала Гародня.

Прывілеем ад 29 ліпеня 1579 абвясціў, што Каралеўства Польскае і Вялікае княства Літоўскае з'яўляюцца раўнапраўнымі дзяржавамі ў складзе федэрацыйнай дзяржавы, таксама абавязаўся захоўваць самастойнасць ВКЛ, павялічваць яго межы, не прызначаць літоўскімі ваяводамі палякаў, агульныя соймы склікаць напераменку, то ў Вялікім княстве, то ў Кароне

Прывілеем ад 1 красавіка 1579 ператварыў Віленскі езуіцкі калегіум у акадэмію. Таксама выдаў дазволу на ўтварэнне езуіцкага калегіюма ў Полацку (1581), Рызе (1580) і Дорпаце (1584). Яму належыць ініцыятыва адкрыцця езуіцкага калегіума ў Гародні.

Імкнуўся да мірнага развязвання ідэалагічных канфліктаў.

Сваю рэзідэнцыю Стэфан Баторый трымаў у Гародні, у Старым замку. Тут ён прымаў пасольства маскоўскае (1581), ангельскае (1584), правёў раду сэнатараў для разгляду дамаганняў Швэцыі (1582). Гараджанам надаў пэўныя льготы, выдаў прывілей для саборнай Прачысценскай царквы. За ім у Гародні праходзіў кожны трэці сойм.

Як кароль Польшчы пайшоў на значныя саступкі шляхце, падтрымліваў езуітаў. Замест каралеўскага суда як найвышэйшай судовай інстанцыі зацвердзіў шляхецкія выбарныя трыбуналы.